BLASTメモ
昔のコマンドはない模様・・・・
formatdb⇒makeblastdb
blastall⇒legacy_blast.pl blastall
[root@ns blastdata 18:21:23]# makeblastdb -in ./yeast.aa -dbtype nucl
Building a new DB, current time: 03/09/2011 18:21:26
New DB name: ./yeast.aa
New DB title: ./yeast.aa
Sequence type: Nucleotide
Keep Linkouts: T
Keep MBits: T
Maximum file size: 1073741824B
Adding sequences from FASTA; added 6298 sequences in 5.95408 seconds.
blastp アミノ酸配列（タンパク質のシーケンス）をクエリとして、ユーザが指定したアミノ酸配列データベース
から類似するシーケンスを検索する。
blastn 塩基配列（ヌクレオチドのシーケンス）をクエリシーケンスとして、ユーザが指定した塩基配列データ
ベースから類似するシーケンスを検索する。
blastx
塩基配列のクエリシーケンスを、6フレームで翻訳して、アミノ酸配列データベースから類似する
シーケンスを検索する。
tblastn アミノ酸配列をクエリとして、塩基配列データベースを6フレームで翻訳しながら、類似するシーケンスを
検索する。
tblastx
塩基配列のクエリシーケンスを、6フレームで翻訳して、アミノ酸配列に翻訳された塩基配列データベース
から類似するシーケンスを検索する。このプログラムはBLASTのプログラムの中で最も処理速度が遅い。
このプログラムの使用目的は、塩基配列のシーケンス間の非常に遠い関連性を発見することである。 <<
