wwwblast

BIO

前のバージョンではwwwblastがあります。置くだけでWebから検索が可能♪


(1)ダウンロード



[root@ns tmp 22:25:00]# wget ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/executables/release/2.2.9/wwwblast-2.2.9-ia32-linux.tar.gz
100%[================================================>] 13,479,040   114.88K/s    ETA 

〜

22:26:28 (171.17 KB/s) - `wwwblast-2.2.9-ia32-linux.tar.gz' を保存しました [13479040]

(2)設置とApacheの設定



[root@ns wwwblast 22:28:20]# tar xvzf ./wwwblast-2.2.9-ia32-linux.tar.gz

blast/

blast/README.rps

blast/blast.cgi

blast/blast.html

blast/blast.rc

〜
[root@ns conf 22:43:42]# pwd

/etc/apache2/conf

[root@ns conf 22:43:44]# vi httpd.conf
〜

Alias /blast/  "/home/wwwblast/blast/"



    Options ExecCGI Indexes FollowSymLinks Includes MultiViews

    Order allow,deny

    Allow from all

〜
[root@ns conf 22:43:44]# /sbin/service apache2 restart

httpdを停止中:                                             [  OK  ]

httpdを起動中: [Wed Mar 09 22:44:06 2011] [warn] module php5_module is already loaded, skipping

                                                           [  OK  ]

(3)wwwblastの設定



[root@ns blast 23:17:13]# pwd

/home/wwwblast/blast
落としてきたDBを追加します。複数設置する場合はスペースを入れてください。
[root@ns blast 23:17:14]# vi blast.rc

〜

# Here are list of combinations program/database,

# that allowed by BLAST service. Format:    ...

#

blastn test_na_db yeast.nt

blastp test_aa_db yeast.aa

blastx test_aa_db

〜
[root@ns blast 23:18:47]# pwd

/home/wwwblast/blast
HTMLの編集
[root@ns blast 23:18:47]# vi blast.html

〜

<a href="docs/blast_program.html">Program

<select name = "PROGRAM">

    <option> blastn

    <option> blastp

    <option> blastx

    <option> tblastn

    <option> tblastx

</select>

<a href="docs/blast_databases.html">Database

<select name = "DATALIB">

    <option VALUE = "test_na_db"> test_na_db

    <option VALUE = "test_aa_db"> test_aa_db

    <option VALUE = "yeast.aa"> yeast.aa

    <option VALUE = "yeast.nt"> yeast.nt

    <option VALUE = "pataa.00"> pataa.00

</select>

〜